Poikkeuksellisen leuto ja sateinen talvi vaikutti myös vesistöihin. Vaikutukset eivät kuitenkaan olleet aivan odotetun kaltaiset. Kesälle 2020 ennustettiin leväkukintoja syksyn ja talven tavallista suurempien ravinnehuuhtoumien takia. Levämäärät pysyivät kuitenkin vesistöissä odotetusta poiketen normaalilla tasolla. Kasviplanktonit eli levät hyödynsivät syksyn ja talven aikana valumien mukana tulleet ravinteet jo aikaisin keväällä ja alkukesästä. Jäät alkoivat sulaa tavallista aikaisemmin jo helmikuun lopulla. Aikainen jäiden sulaminen aiheutti haasteita vesistöjen näytteenotossa. Saimaan Vesi- ja Ympäristötutkimus Oy:n (SVYT) järvinäytteet jouduttiin hakemaan moottorikelkan sijaan potkukelkalla ja esimerkiksi osalle Saimaan näytepisteitä ei päästy lainkaan kevättalvella.
Virtavesissä leuto talvi näkyi kevättulvien ajoittumisena poikkeuksellisesti talven puolelle. Kaakkois-Suomessa tulvajakso ajoittui jo helmikuulle normaalin huhtikuun sijaan. Aikaiset tulvat näkyivät myös virtavesien normaalia korkeampina kiintoainepitoisuuksina ja sameutena lopputalvesta.