Simpelejärvi oli ennen tunnettu siioistaan ja Parikkala piioistaan. Rehevöitymiskehityksen myötä siiat ovat kuitenkin lähes kadonneet suuresta osasta järveä ja piiat lienevät myös siirtyneet jo ajasta ikuisuuteen. Simpelejärvestä on kuitenkin siikaveden sijaan muodostunut varsin tuottava kuhavesistö, joskin siikoja tavataan vielä vedenlaadultaan hyvällä Kurhonselällä.
Simpelejärvi koostuu useasta selkävedestä, jotka liittyvät toisiinsa salmien välityksellä. Selkein muutos veden laadussa tapahtuu kuitenkin Särkisalmen kohdalla. Vesireitin ylemmät osat ovat huomattavasti rehevämpiä kuin alapuolinen Kirkkoselkä ja kirkasvetinen Kurhonselkä. Simpelejärven merkittävistä pistekuormittajista on jäljellä enää Parikkalan kunnan jätevedenpuhdistamo, ja järven rehevöitymiskehitystä ja paikoin jopa heikkoa tilaa pitääkin pääosin yllä hajakuormitus.
Helposti silmin havaittava muutos Simpelejärven tilassa 2000-luvulla on ollut veden samentuminen. Veden samentuminen on ollut silmiinpistävän nopeaa varsinkin Simpelejärven heikompilaatuisilla alueilla (kuva 1), mutta vastaava kehitys on pienemmässä mitassa havaittavissa myös hyvälaatuisella Kurhonselällä (kuva 2).
Vastaava kehitys on tapahtunut myös veden värissä ja orgaanisen aineen määrässä (CODMn, kemiallinen hapenkulutus). Tämä veden tummuminen johtunee suurelta osin lauhoista talvista ja routa-ajan lyhentymisestä, eli valuma-alue kuormittaa vesistöä pidemmän ajan vuoden kuluessa. Väriluvun ja orgaanisen aineen määrän kasvu ei ole vain kosmeettinen haitta. Tumma vesi lämpenee kirkasta nopeammin, joka vaikuttaa negatiivisesti vesistön happivaroihin. Niin ikään orgaanisen aineen määrä heikentää happitilannetta, koska hajotessaan eloperäinen aines kuluttaa happea. Kurhonselkää lukuun ottamatta Simpelejärven selkien syvänteissä onkin havaittu kerrostuneisuuskausien (lopputalvi ja loppukesä) lopulla happivajetta ja jopa happikatoja. Happikadon vallitessa pohjasedimenttiin sitoutuneet fosforivarannot vapautuvat vesipatsaaseen ja niin sanottu järven sisäinen kuormitus käynnistyy.
Simpelejärven tilan kehitystä on seurattu matemaattisen monimuuttujamallin avulla. Malli huomioi alusveden happipitoisuuden, koko vesipatsaan väriluvun, sameuden, kokonaisfosforipitoisuuden, orgaanisen aineen määrän (CODMn) ja sähkönjohtavuuden. Malli vertaa edellä mainittuja mitattuja pitoisuuksia vesistön oletettuihin ihannearvoihin, eli luonnontilaan, ja muodostaa indeksiluvun. Indeksiluku voi saada arvoja välillä 1-6 (1 = erinomainen, 2 = hyvä, 3 = tyydyttävä, 4 = välttävä, 5 = huono ja 6 = erittäin huono).
Vedenlaatuindeksi perusteella Lemmikonselän tila on 2000-luvulla ollut heikkenemään päin, veden kokonaislaadun vaihdellessa tyydyttävän ja välttävän välillä (kuva 3). Kurhonselän veden kokonaislaatu on edelleen hyvällä tasolla, mutta 2000-luvulla indeksin arvot ovat heikentyneet erinomaisista hyviin (kuva 4.). Suunta on siis huolestuttava myös Simpelejärven puhtaimmalla selällä.
